Принципы разработки принципа моделирования белка и применения Wang Cunxin скомпилированной молекулярной динамикой методы методов моделирования белков Структура Структура для изучения белкового складывания грубых модельных биологических книг.
Вес товара: ~0.7 кг. Указан усредненный вес, который может отличаться от фактического. Не включен в цену, оплачивается при получении.
Описание товара
Ценообразование138.00
Издательнаучная пресса
Издание1
Опубликованная датаМарт 2016 года
формат16
УкраситьМягкая обложка
Количество страниц421
Число слов650000
Кодирование ISBN9787030473271
В этой книге представлено углубленное обсуждение принципов, разработок и приложений в области молекулярного моделирования белков, особенно актуальных и сложных вопросов в этой области, основанное на реальной практике.Эта книга стремится объединить теорию с практикой и содержит новые академические идеи. Содержание в основном включает в себя методы моделирования молекулярной динамики, прогнозирование сложной структуры белков, использование методов молекулярного моделирования для изучения сворачивания белков, крупнозернистые модели, электростатические взаимодействия на большие расстояния, а также методы и приложения дизайна молекул лекарств.
**Некоторые методы моделирования молекулярной динамики.
Глава 1 Принципы, методы и прогресс молекулярно-динамического моделирования 3
1.1 Введение 3
1.2 Классические механические модели и общие силовые поля биологических макромолекул 4
1.2.1 Модель классической механики 4
1.2.2 Общие молекулярные силовые поля 5
1.3 Алгоритм интегрирования 7
1.3.1 Кинетическое уравнение системы 7
1.3.2 Численное решение динамических уравнений 7
1.4 Периодические граничные условия 9
1.5 Динамическое моделирование стесненных условий 10
1.5.1Алгоритм SHAKE 10
1.5.2 Алгоритм LINCS 12
1.6 Несвязывающие взаимодействия 12
1.6.1 Взаимодействие на близком расстоянии 13
1.6.2 Часто используемые алгоритмы для дальнодействующих электростатических взаимодействий в МД-моделировании 13
1.7 Моделирование молекулярной динамики при постоянной температуре и постоянном давлении 17
1.7.1 Метод контроля температуры 17
1.7.2 Метод регулирования давления 21
1.8 Растворитель Модель 23
1.8.1 Модель неявного растворителя 23
1.8.2 Явная модель растворителя 24
1.9 Основные этапы молекулярно-динамического моделирования 24
1.10 Прогресс и перспективы моделирования молекулярной динамики белков 31
Ссылки 32
Глава 2. Растянутое молекулярно-динамическое моделирование 37
2.1 Введение 37
2.2 Метод молекулярно-динамического моделирования растяжения 38
viiiМоделирование белков—&-Принципы, развитие и приложения.
2.3 Пример моделирования молекулярной динамики растяжения 39
2.3.1 Исследование взаимного узнавания периплазматических связывающих белков и лигандов 39
2.3.2 Исследование молекулярной динамики растяжения противоракового пептида p28 и белка-супрессора опухоли p53 46
Ссылки 52
Глава 3. Молекулярно-динамическое моделирование мембранных белковых систем 56
3.1 Введение 56
3.2. Прогресс в молекулярно-динамическом моделировании мембранных белков 57
3.2.1 Свойства мембран и типы липидных молекул 57
3.2.2 Свойства и типы мембранных белков 57
3.2.3 Применение молекулярно-динамического моделирования в исследованиях мембран 58
3.2.4. Применение молекулярно-динамического моделирования в мембранной белковой системе 59
3.3. Основные методы и этапы молекулярно-динамического моделирования мембранных белковых систем 60
3.4 Молекулярно-динамическое моделирование мембранной белковой системы BtuC-POPC 62
3.4.1 Предыстория исследования 62
3.4.2 Материалы и методы 62
3.4.3 Результаты и обсуждение 64
3.4.4 Резюме и перспективы 71
Ссылки 71
Глава 4. Молекулярно-динамическое моделирование взаимодействий белок-ДНК 76
4.1 Введение 76
4.2. Структурные характеристики распознавания белков и ДНК 76
4.2.1 Структурные характеристики ДНК-связывающих белков 76
4.2.2 Характеристики участков действия белково-ДНК-комплексов 78
4.3. Методы исследования распознавания белков-ДНК 79
4.3.1 Паттерны взаимодействия белков и ДНК 79
4.3.2 Экспериментальные методы взаимодействия белка с ДНК 81
4.3.3 Методы молекулярного моделирования для исследования распознавания белков и ДНК 82
4.4 Молекулярно-динамическое моделирование интегразы ВИЧ-1 и распознавания вирусной ДНК 84
4.4.1 Предыстория и значимость исследования 84
4.4.2 Системы и методы 85
4.4.3 Результаты и обсуждение 87
4.5 Резюме 103
Ссылки 104
Прогнозирование структуры двухчастных белковых комплексов
Глава 5. Прогнозирование структур белковых комплексов с помощью методов молекулярного докинга 111
5.1 Введение 111
5.2. Метод молекулярного докинга белок-белок 112
5.2.1 Основные принципы молекулярного докинга 112
5.2.2 Ключевые этапы молекулярного докинга 114
5.3 Текущий статус исследований методов молекулярного докинга 116
5.3.1 Классификация методов молекулярного докинга 116
5.3.2. Несколько важных методов молекулярного докинга 117
5.3.3 Введение в международное предсказание структуры белковых комплексов CAPRI 124
5.4 Трудности и неотложные проблемы, требующие решения 126
Ссылки 127
Глава 6. Прогнозирование сайта связывания белка 131
6.1 Введение 131
6.2 Классификация сайтов связывания белков 132
6.2.1 Остатки горячих точек в сайтах связывания 132
6.2.2 Сайт связывания якорного остатка 132
6.2.3 Сайт привязки модуля 133
6.3 Распространенные методы прогнозирования сайтов связывания белков 133
6.3.1 Методы прогнозирования на основе последовательностей 133
6.3.2 Методы прогнозирования на основе структуры 133
6.3.3 Методы прогнозирования на основе физических и химических свойств 134
6.4 Пример предсказания сайта связывания белка 134
6.4.1. Метод прогнозирования, основанный на внедрении водородных связей основной цепи 134
6.4.2 Метод прогнозирования, основанный на внутренних контактах и внешнем воздействии аминокислотных модулей поверхности белка (ПАМА) 139
6.5 Перспективы 145
Ссылки 145
Глава 7. Разработка оценочной функции стыковки белковых молекул 150
7.1 Введение 150
7.2 Классические параметры оценки 150
7.2.1 Геометрические дополнения 150
7.2.2 Контактная площадка интерфейса 151
симуляция белка—&-Принципы, развитие и приложения.
7.2.3 Ван-дер-Ваальс и электростатические взаимодействия 152
7.2.4 Статистический потенциал парного предпочтения 152
7.3 Разработка оценочных функций в широко используемом программном обеспечении для стыковки молекул белков 153