Подлинный анализ данных РНК-seq и практическое метод.
Вес товара: ~0.7 кг. Указан усредненный вес, который может отличаться от фактического. Не включен в цену, оплачивается при получении.
Описание товара
Название книги: Практические методы анализа данных секвенирования РНК: новая серия по биологии
Цена: 120,00 юаней.
Автор: (финский) Под редакцией Э. Копеляна и других; перевод Чэнь Цзяньго и Чжан Хаймоу
Пресса: Science Press
Дата публикации: 2019-09-01
ISBN: 9787030564863
В этой книге подробно представлены основные принципы и методы анализа данных РНК-секвенирования, охватывающие весь рабочий процесс анализа данных, включая контроль качества, картирование, сборку, статистическое тестирование и анализ метаболических путей.Объясняя теорию, в книге также используется множество примеров. Не только биоинформатики, но и исследователи без соответствующего опыта анализа могут обращаться к этим примерам для анализа.
Глава 1. Введение в RNA-seq 1.
1.1 Введение 1
1.2 Разделение РНК 3
1.3 Контроль качества РНК 3
1.4 Подготовка библиотеки 4
1.5 Основная платформа RNA-Seq 7
1.5.1 Illumina 7
1.5.2 SOLID 8
1.5.3 Roche 454 8
1.5.4 Ion Torrent 9
1.5.5 Pacific Biosciences 9
1.5.6 Nano Hole Technology 10
1.6 Применение РНК-seq 11
1.6.1 Белок, кодирующий структуру гена 11
1.6.2 Новый белок, кодирующий ген 12
1.6.3 Количественная оценка и сравнение экспрессии генов 13
1.6.4 Экспрессивное маттипотрансмидное основание генов 14
1.6.5 Одноклеточная РНК-seq 14
1.6.6 Ген слияния 15
1.6.7 Мутация гена 15
1.6.8 не -кодированная РНК 16
1.6.9 Не -кодированная малая РНК 16
1.6.10 Секвенирование продукта амплификации (Ampli-seq) 16
1.7 Выберите платформу RNA-seq 17
1.7.1 Выберите 8 принципов платформы RNA-Seq и режима секвенирования 17
1.7.2 Резюме 20
Ссылки 20
Глава 2. Введение в анализ данных секвенирования РНК 23
2.1 Введение 23
2.2 Рабочий процесс анализа экспрессии 25
2.2.1 **: контроль качества в чтении. Раздел 26
2.2.2 Шаг второй: предварительная обработка сегментов чтения 26
2.2.3 Три шага: выравнивание прочтений со ссылкой на геном 26
2.2.4 Четыре этапа: сборка транскриптома под контролем генома 27
2.2.5 Пять шагов: расчет уровней экспрессии 27
2.2.6 Шесть шагов: сравнение экспрессии генов в разных условиях 27
2.2.7 Семь шагов: визуализация данных в контексте генома 27
2.3 Нижний анализ 28
2.3.1 Аннотация генов 28
2.3.2 Анализ экстракта генов 29
2.4 Автоматический рабочий процесс и трубопровод 29
2.5 Требование к оборудованию 30
2.6 Пример в книге 30
2.6.1 Используйте инструменты командной строки и R 31
2.6.2 Используйте программное обеспечение для чипстеров 31
2.6.3 Пример набора данных 32
2.7 Резюме 33
Ссылка 34
Глава 3 Контроль качества и предварительная обработка 35
3.1 ВВЕДЕНИЕ 35
3.2 Программное обеспечение для контроля качества и предварительной обработки 35
3.2.1 FastQC 35
3.2.2 PRINSEQ 36
3.2.3 Trimmomatic 37
3.3 Проблема с качеством чтения 37
3.3.1 Качество базового щелочка 37
3.3.2 Определенное основание 44
3.3.3 Подключите 46
3.3.4 Длина секции чтения 47
3.3.5 -специфическое отклонение последовательности и не -матч с помощью случайных праймеров Couplet 47
3.3.6 Содержание GC 48
3.3.7 Повторите 48
3.3.8 Загрязнение последовательности 50
3.3.9 Последовательность низкой сложности и Hail 50 Polya 50
3.4 Резюме 51
Ссылки 52
Глава 4. Сопоставление прочтений с эталонным геномом 54
4.1 Введение 54
4.2 Программа сравнения 54
4.2.1 Bowtie 55
4.2.2 TopHat 58
4.2.3 STAR 62
4.3 Сравнительная статистика и процедуры для файла сравнения операций 65
4.4 В контексте геномной группы, раздел 68 визуального чтения.
4.5 Резюме 69
Ссылки 70
Глава 5. Сборка транскриптома 71
5.1 Введение 71
5.2 Метод 72
5.2.1 Защита группы группы отличается от сборки генома 72
5.2.2 Сложность реконструкции транскрипционной книги 73
5.2.3 Процесс сборки 73
5.2.4 De Bruijn Рисунок 75
5.2.5 Используйте информацию о изобилии 75
5.3 Предварительная обработка данных 76
5.3.1 Коррекция ошибок чтения 77
5.3.2 SEECER 77
5.4 Сборка на основе чертежа 78
5.4.1 Cufflinks 79
5.4.2 Scripture 80
5.5 Ассамблея De novo 81
5.5.1 Velvet+Oases 81
5.5.2 Trinity 83
5.6 Резюме 87
Ссылка 88
Глава 6 Количественный и аннотационный контроль качества 90
6.1 Введение 90
6.2 Массовый вес на основе аннотаций 90
6.2.1 Инструмент контроля качества на основе комментариев 91
6.3 Количественное исследование экспрессии генов 95
6.3.1 Считайте раздел чтения каждого гена 96
6.3.2 Считайте раздел чтения каждой книги по транскрипции 99
6.3.3 Считайте раздел чтения каждой внешней манеры 103
6.4 Резюме 104
Ссылки 105
Глава 7. Структура анализа RNA-seq в R и Bioconductor 106
7.1 Введение 106
7.1.1 Установите R и расширенный пакет 106
7.1.2 Используйте R 107
7.2 Bioconductor Package 108
7.2.1 Программный пакет 108
7.2.2 Пакет примечания 108
7.2.3 Тестовый пакет 109
7.3 Описание Особенности биоконкурнорного пакета 109
7.3.1 ООП функции в R 109
7.4 В R, Gene and Transcription Book 111
7.5 в r, геном 114
7.6 в R, SNP 116
7.7 Формирование нового пакета аннотаций 116
7.8 Резюме 118
Ссылки 118
Глава 8 Анализ дифференциальных выражений 119
8.1 Введение 119
8.2 Технологический повтор и биология повторение 119
8.3 Статистическое распределение в данных РНК-seq 120
8.3.1 Повторение биологии, распределение графы и опции программного обеспечения 122
8.4 Слепая 122
8.5 Пример использования программного обеспечения 124
8.5.1 Используйте Cufffdiff 124
8.5.2 Используйте BioConductor Package: Deseq, Edger, Limma 127
8.5.3 Линейная модель, проектная матрица и контрастная матрица 127
8.5.4 Подготовка перед различным анализом экспрессии 130
8.5.5 Пример кода Deseq (2) 131
8.5.6 Визуализация 132
8.5.7. Для справки: пример кода других пакетов биоконкуртировщиков 136
8.5.8 limma 137
8.5.9 SAMSEQ (пакет SAMR) 137
8.5.10 edgeR 138
8.5.11 DESEQ2 Пример кода многофакторного эксперимента 138
8.5.12 Для справки: Пример кода Эджера 141
8.5.13 Пример кода Лиммы 141
8.6 Резюме 143
Ссылки 143
Глава 9. Анализ дифференциального использования экзонов 146
9.1 Введение 146
9.2 Входной файл подготовки DEXSEQ 147
9.3 Прочитайте данные в 148
9.4 Посетите Exoncountset Object 149
9.5 Оценка поддержки и основания 151
9.6 Испытательные различия Внешнее подразделение 153
9.7 Визуализация 156
9.8 Резюме 160
Ссылка 160
Глава 10. Результаты аннотаций 161
10.1 Введение 161
10.2 Извлечение дополнительных комментариев 161
10.2.1 Комментарий со специализированным пакетом аннотаций с биологическим телом 162 162
10.2.2 Комментарий с поиском Biomart Gene 165
10.3 Анализ онтологии наборов генов с аннотациями 167
10.4 Анализ генетического набора 169
10.4.1 Метод конкуренции с использованием пакета Gostats 170
10.4.2 Самоодержащий метод использования сумки GlobalTest 172
10.4.3 Метод коррекции ведущего отклонения 173
10.5 Резюме 174
Ссылки 174
Глава 11 Визуализация 176
11.1 Введение 176
11.1.1 Тип файла изображения 176
11.1.2 Резолюция изображения 177
11.1.3 Цветная модель 177
11.2 Графика в R 177
11.2.1 Горячий рисунок 178
11.2.2 Вулкан Рисунок 182
11.2.3 мА Рисунок 184
11.2.4 Тип группы хроматина Рисунок 185
11.2.5 Визуализация генов и транскрипционных структур 187
11.3 Полный рисунок 189
11.4 Резюме 190
Ссылки 190
Глава 12. Некодирующие малые РНК 192
12.1 Введение 192
12.2 МикроРНК (miRNA) 193
12.3 Микро РНК бок бок РНК 196
12,4 РНК 196, связанная с Piwi
12.5 Внутреннее молчание РНК 197
12.6 Экзотическая тишина РНК 198
12.7 Transfer RNA 198
12.8 Ядерная РНК 198
12,9 малая сердечная РНК 198
12.10 Улучшенная РНК -производная 199
12.11 Другие некодирующие маленькую РНК 199
12.12 Он используется для обнаружения некодирующих малых методов секвенирования РНК 200
12.12.1 miRNA-seq 201
12.12.2 CLIP-seq 203
12.12.3 Секвенирование группы деградации 205
12.12.4 Глобальное непрерывное секвенирование 205
12.13 Резюме 206
Ссылки 206
Глава 13 Анализ данных секвенирования некодирующих малых РНК 209
13.1 Введение 209
13.2 Открытие маленькой РНК——miRDeep2 209
13.2.1 Файл GFF 210
13.2.2 Известный файл miRNA FASTA 211
13.2.3 Установите операционную среду 2111
13.2.4 запустить Mirdeep2 213
13.3 miRanalyzer 217
13.3.1 запустить Miranalyzer 219
13.4 Анализ мишени miRNA 219
13.4.1 Расчетный метод прогнозирования 219
13.4.2 Метод искусственного интеллекта 221
13.4.3 Методы на основе эксперимента 222
13.5 Интеграция данных miRNA-seq и mrNA-seq 222
13.6 Маленькая база данных РНК и ресурс 223
13.6.1 Раздел 223 чтения РНК-seq РНК-seq в mirbase 223
13.6.2 Экспрессия miRNA Атлас 225
13.6.3 Clip-seq и Degradation Group-Seq Data Database 226
13.6.4 miRNA и база данных 226
13.6.5 Общая база данных 227 Исследования по сообществу и ресурсам
13.6.6 miRNAblog 227
13.7 Резюме 228
Рекомендации 229